Το Κολυμβητικό Τμήμα της ΑΕΚ έκανε τα πρώτα του βήματα τη δεκαετία του ’60 και του ’70, σημειώνοντας αρκετές διακρίσεις. Στη συνέχεια αδρανοποιήθηκε και πλέον μαζί με τα τμήματα υδατοσφαίρισης επαναδραστηριοποιείται.