Το τμήμα Χάντμπολ της ΑΕΚ δημιουργήθηκε το καλοκαίρι του 2005 και από την πρώτη ημέρα της ίδρυσής του αγωνίζεται στη Handball Premier, την κορυφαία κατηγορία της ελληνικής χειροσφαίρισης.
Έχει κατακτήσει 5 Πρωταθλήματα Ελλάδος (2011, 2013, 2020, 2021, 2023), 4 Κύπελλα Ελλάδος (2009, 2013, 2014, 2021) και 1 EHF European Cup (2021), ενώ παράλληλα έχει 1 παρουσία σε Τελικούς Challenge Cup, το 2018, όταν και απώλεσε τον τίτλο στη διαφορά τερμάτων.
Η ευρωπαϊκή παρουσία του “Δικεφάλου”, περιλαμβάνει ακόμα 1 παρουσία στα Ημιτελικά του Challenge Cup, το 2019, και 2 παρουσίες στα Προημιτελικά του Challenge Cup, το 2011 και το 2020.
Έδρα του τμήματος είναι η αίθουσα “Γ. Κασσιμάτης” του ΟΑΚΑ.
