Το τμήμα Χάντμπολ Γυναικών της ΑΕΚ ιδρύθηκε το 2020. Η ΑΕΚ ξεκίνησε την πορεία της από την Α2 Εθνική Κατηγορία, ενώ παράλληλα δημιούργησε τμήματα Ακαδημιών με στόχο την ανάπτυξη του αθλήματος.
Έδρα του τμήματος είναι η αίθουσα “Γ. Κασιμάτης” του ΟΑΚΑ.
