Το τμήμα ποδοσφαίρου σάλας ανδρών ιδρύθηκε το 2008 και βρίσκεται υπό την αιγίδα της ΠΑΕ και της Μάνας ΑΕΚ. Παρά την άνοδο του τμήματος στην κορυφαία κατηγορία από την πρώτη σεζόν της ύπαρξης του, η ομοσπονδία αρνήθηκε τη συμμετοχή της “Ένωσης” λόγω της συγχώνευσης με τον ΟΦ Γέρακα. Η ΑΕΚ ανέβηκε την επόμενη χρονιά στην Α’ Εθνική και έκτοτε πρωταγωνιστεί, έχοντας κατακτήσει 2 Πρωταθλήματα (2019, 2020), 1 Κύπελλο (2018) και 2 Super Cup Ελλάδος (2018, 2019).
Το 2019 η ΑΕΚ δημιούργησε και γυναικείο τμήμα που αγωνίστηκε άμεσα στο πρώτο Πρωτάθλημα Ελλάδος, κατακτώντας τον τίτλο μόνο με νίκες.
