Το τμήμα Σκάκι ιδρύθηκε το 2005 και σημείωσε όλα αυτά τα χρόνια σημαντικές επιτυχίες. Η ΑΕΚ άμεσα βρέθηκε στις κορυφαίες κατηγορίες της χώρας, με τη φανέλα της να φορούν κορυφαίοι Έλληνες και ξένοι σκακιστές, ενώ τα τελευταία χρόνια έχει ξεκινήσει η αναγέννηση του τμήματος με τους σπουδαίους σκακιστές Μιχάλη Πρεβενιό και Ιωάννη Λίτσα.
Η έδρα του τμήματος βρίσκεται στη Νέα Φιλαδέλφεια σε έναν πλήρως εξοπλισμένο χώρο, όπου γίνονται και τα μαθήματα της Ακαδημίας. Παράλληλα, υπάρχει και δεύτερος λειτουργικός χώρος όπου διεξάγονται μαθήματα για την Ακαδημία.
